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消費税の別記入力が実務上問題となるか

    一般的な会計システムは税抜経理でも消費税も一つの行で入力する(恐らく裏側で仮払消費税の仕訳に分けられている)ものかと思いますが、課税仕入1,100,000(本体1,000,000+消費税100,000)と非課税仕入れ100,000を足して、消費税欄を別記設定にする事により一つの行で「金額欄:1,200,000」「消費税欄:別記100,000」とすると消費税の申告で支払対価の額(税込)を正確に集計出来ず問題となったりしますか?
    消費税の申告というか「タックスアンサーNo.6351 納付税額の計算のしかた」でいう割戻し計算や帳簿積上げ計算です。(インボイス記載の税額をそのまま集計する原則の積上げ計算は部門按分などあると会計システムのみでの集計は現実的にほぼ不可能ですよね。全て手打ちして端数ズレが起きないように調整する必要がありますし。)
    課税と非課税が混在しているものと言うと例えば有価証券(非課税)と取得価額算入する付随費用となる購入手数料(課税)などです。
    もっと言うと課税だけでも別記入力すると端数ズレが生じて帳簿積上げ計算のルールによる仮払消費税と仕訳の仮払消費税との差異が出てしまうなどの問題になりますか?その端数ズレが支払対価の額(税込)のズレになったりしますか?

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