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年末調整をされていなかった場合の会社のメリット、個人のデメリットを教えてください

    毎年年末調整に係わる書類を会社に提出していますが、数年間、年長未済の記載に自分では気づかず第三者に指摘され気づきました。ほかの従業員は年末調整されており、私だけされていませんでした。当然副業もないですし年収も平均です。毎月の給与からは源泉所得税が引かれています。昨年数年間遡り確定申告をしました。会社側へ私だけ年末調整していない理由を尋ねましたが特に理由はないと言われ、謝罪が一言あっただけでした。(現在は年末調整されています。)
    この場合、毎月の所得税はどうなっていたのでしょうか。
    きちんと納められていたのでしょうか。
    会社側がこれをすることによって得ることは何でしょうか。
    私の所得税は引かれていただけで納税はされていなかったのでしょうか。
    嫌がらせをされただけなのでしょうか。
    信用できないので退職しますが、その際に言えることがあればと思い相談させていただきました。

    毎月の源泉所得税は税務署に納められていると思います。源泉所得税の徴収納税は年末調整とは直接関係ないからです。
    年末調整がされていなかったということは、乙欄で計算されていた可能性があります。確定申告したことで、かなりの還付があったのではないかと思います。
    謝罪があったということからすると、ご自身には落ち度はないということですので、本来であれば必要がなかった確定申告に係る交通費、時間給、ソフト代などを請求してみても良いと思います。

    • 回答日:2026/08/19
    • この回答が役にたった:2

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    回答した税理士

    唐澤ルミ税理士事務所

    唐澤ルミ税理士事務所

    • 認定アドバイザー評価ランク3
    • 神奈川県

    税理士(登録番号: 134162)

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    不愉快なこととお察しいたしますが
    天引きされていた源泉所得税は、会社側から税務署へ納税されていると思われます。

    退職される際、源泉徴収票は必ずいただいてください。
    ※「年調未済」と記載されているはずなので、次の就職先へ提出して年末調整するか、確定申告をするなどしてください。
    ご参考となれば幸いです。

    • 回答日:2026/08/20
    • この回答が役にたった:1

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    回答した税理士

    毎月天引きされていた所得税は、会社から税務署へ毎月きちんと納付(納税)されていた可能性が極めて高いです。つまり、会社の損得はなかった可能性が高いと考えます。

    所得税の状態と会社の得(損):
    給与からの天引き分は納税されているため、会社が横領や得をしたわけではありません。年末調整をしないことで会社に金銭的メリットはなく、単なる手続き上の不備や怠慢(事務ミス)と考えられます。

    あなたへの影響:
    本来、年末調整(または確定申告)をすれば還付金として戻ってくるはずだったお金が、遡って確定申告をするまで戻ってこなかった(手元で活用できなかった)という不利益が生じていました。(=還付タイミングが遅れた。)

    • 回答日:2026/08/19
    • この回答が役にたった:1

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    回答した税理士

    リフト会計事務所

    リフト会計事務所

    • 認定アドバイザー評価ランク4
    • 大阪府

    税理士(登録番号: 149177), 公認会計士(登録番号: 42116), 中小企業診断士(登録番号: 428455), その他

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    ご不安なお気持ちお察しします。まず結論として、毎月の給与から源泉徴収された所得税は、通常は会社が国に納めているのが一般的な仕組みです。年末調整がされていなかったとしても、そのお金が会社の利益になるわけではありません。
    源泉徴収は、給与を支払う会社が従業員から所得税を預かり、国へ納める制度です。年末調整は、その一年間に預かった税額と、本来納めるべき年税額との差額を精算する手続きにすぎません。年末調整がされていないと、この精算がされないため還付が受けられず、結果的に納めすぎのまま放置されていた可能性があります。あなたが遡って確定申告をされたことで払いすぎ分は精算されているはずです。
    つまり、理由は分かりかねますが精算手続きが漏れていたと考えられます。実際の納付状況や各年の税額の確認は、源泉徴収票や納付記録をもとに、税理士または所轄の税務署にご相談いただくと安心です。

    • 回答日:2026/08/19
    • この回答が役にたった:1

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    回答した税理士

    税理士法人クラウドパートナーズ - CloudPartnersGroup -

    税理士法人クラウドパートナーズ - CloudPartnersGroup -

    • 認定アドバイザー評価ランク5
    • 東京都

    税理士(登録番号: 4840), 公認会計士(登録番号: 28575), 社労士(登録番号: 13190554), 中小企業診断士(登録番号: 424441), その他

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