給与計算・年末調整に関する質問｜質問No.23751

Question

法人税申告で「青色申告がされていない」と指摘を受けました。対処法を教えてください。

はじめまして。どうぞよろしくお願いいたします。
弊社は2021年12月に設立し、昨年より黒字化したため、現在は自社のみに集中して運営しております。会計ツールはFreee会計を使用しています。
このたびご相談したいのは、法人税の申告に関してです。
先日、税務署より「青色申告がなされていないので訂正してください」との電話連絡がありました。ただ、自分自身では青色申告の手続きをしたかどうか記憶が定かでなく、どのように対応すればよいか困っております。
具体的には以下の点についてアドバイスをいただけますと幸いです。

青色申告の承認を受けているかどうかを確認する方法
承認を受けていなかった場合、今後の対処法（遡及の可否など）
Freee会計を使っている場合に注意すべき点

ご多忙のところ恐縮ですが、何卒よろしくお願い申し上げます。

Answer 1

青色申告の承認有無は税務署へ直接確認するのが確実で、未承認であれば原則として遡及適用はできず今後の事業年度から改めて承認申請を行う必要がございます。

Answer 2

青色申告の承認状況を確認するには、税務署に直接問い合わせるのが最も確実です。管轄の税務署に電話で「青色申告承認申請書の提出状況および承認の有無」について確認してもらってください。

法人税法の規定により、青色申告の承認を受けるには、原則として適用を受けたい事業年度開始の日の前日までに申請書を提出する必要があります。ただし、設立第1期については設立日から3か月以内（ただし第1期終了日が早い場合はその日まで）に提出すれば、その第1期から青色申告の適用を受けることが可能です。ご質問者様が設立第1期であれば、この期間内に申請書を提出することで遡及適用が可能となります。

承認を受けていなかった場合の対応方法は、既に提出済みの申告書の状況によって異なります。既に白色申告で申告書を提出している場合は、修正申告や更正の請求によって青色申告に変更できる可能性があります。この場合、税務署に相談のうえ、具体的な手続きを確認されることをお勧めします。設立第2期以降で、まだ申告書を提出していない場合は、その事業年度開始の日の前日までに「青色申告承認申請書」を税務署に提出してください。例えば4月決算法人であれば、来年4月1日開始の事業年度から適用を受けるには、今年の3月31日までに申請書を提出する必要があります。

なお、青色申告承認申請書を提出する際には、法人税法の規定により、帳簿書類の備付け、記録および保存が適切に行われていることが承認の前提条件となります。帳簿書類に取引の隠蔽や仮装、不実の記載がないことも重要です。freee会計で作成した帳簿や証憑書類は適切に保存し、これらの要件を満たしていることを確認したうえで申請書を提出してください。

青色申告法人として承認を受けた場合は、法人税法に定められた帳簿書類の保存義務があります。freee会計で作成した帳簿や証憑書類は適切に保存し、税務調査等に備えて整理しておくことが重要です。また、青色申告法人には欠損金の繰越控除等の特典がありますので、これらの制度を活用できるよう適切な申告を心がけてください。

まずは税務署に承認状況を確認していただき、既に提出済みの申告書がある場合はその修正の可能性について相談されることをお勧めします。

Answer 3

こんにちは、税理士の川島です。
青色申告の件ですが、
1.＞青色申告の承認を受けているかどうかを確認する方法
→e-taxにて『確定申告のお知らせ』より、右上に別表一青色申告用となっていれば青色申告で届出をされています。また、所轄税務署へ確認される方法もあります。
2.＞承認を受けていなかった場合、今後の対処法（遡及の可否など）→「青色申告がなされていないので訂正してください」ということは、青色申告にて届出をしているが、白色申告にて申告をされているのではないでしょうか？もし逆であれば(白色申告なのに青色申告で申告)会計処理の修正(青色申告の特例を使っていた場合)や、別表の修正等あります。顧問税理士の先生がいらっしゃいましたらご確認を、もしいらっしゃらないのであればスポットで相談に乗ってくださる先生をfreee等で探される事をお勧め致します。
3.＞Freee会計を使っている場合に注意すべき点
→設定にて青色申告又は、白色申告のどちらになっているか確認されて下さい(1.にて確認後)。

Answer 4

青色申告の承認有無を事実ベースで確認することが最優先です。所轄税務署へ届出状況を照会するか、e-Taxのメッセージボックス・控え書類をご確認ください。

承認がなかった場合、原則として遡及適用は認められず、当期以降に改めて承認申請書を提出する対応となります。初年度の期限（設立日から3か月以内等）を徒過している場合は、翌期以降からの適用となります。

freee会計を利用していても、青色承認の有無は自動判定されません。繰越欠損金や各種特典の適用可否に直結するため、承認状況と申告内容の整合性を早期に確認されることが肝要です。