確定申告に関する質問｜質問No.24953

Question

雇われの医師が青色申告できるかの相談

訪問診療のクリニックで雇われている医師です。給与所得が1800万ほどありますが、雇用先が複数あり、来年の確定申告は源泉徴収票が8枚ほど発生します。その他、家業の非常勤取締役としての収入、配当金収入がそれぞれ数十万円ございます。
尚、ごく僅かですが雑所得が数千円ございます。

私を担当している税理士から、「フリーランスのような働き方をしているが、相手都合で給与名目で受け取っている」という理屈で事業として青色申告することを勧められています。(青色申告承認申請書は提出済み)

知人の医師でこのような青色申告の仕方をしている者が1人もおらず、はたして適切な方法なのか疑問に感じています。

申し訳ないですが追加徴税のリスクなど、一般的な考え方についてご意見を頂ければと思います。

Answer 1

>差し支えなければ、川島先生は医師・医療機関に関する税務業務をどの程度ご経験されていますでしょうか？
→私は過去に勤めていた税理士事務所で個人の皮膚科・歯科等を担当しておりました（医療法人はしておりませんでした）。
私より詳しい先生は沢山おりますので、
・税理士紹介会社へ相談（税理士◯◯◯コム・ビ◯カス等）
・AIやグーグル等で『◯◯市　税理士　医業　おすすめ』
で検索されてみて下さい。よい先生が見つかると良いですね。

• ありがとうございます！

  投稿日：2026/08/26

Answer 2

こんにちは、税理士の川島です。
結論から申し上げますと、クリニックから「給与」として受け取っている収入を「事業所得」として青色申告することは、税務調査で否認されるリスクが高く、お勧めできません。

現在の税理士先生のご提案に対し、質問者様が抱かれた違和感は税務の原則に照らし合わせて非常にまっとうです。一般的な考え方とリスクは以下の通りです。

1. 「雇用」か「業務委託」かの厳格な判断
税務上、所得区分は「フリーランスのような感覚」ではなく「契約形態と実態」で決まります。クリニックの指揮命令下（時間・場所の拘束など）にある場合は「雇用（給与）」、自身の裁量で独立して請け負う場合は「業務委託（事業）」です。訪問診療の場合、実態として「雇用」とみなされるケースが大半です。

2. 「相手都合で給与名目」を覆す難しさ
8カ所ものクリニックが「給与所得の源泉徴収票」を発行している事実は非常に重いです。支払う側が給与として処理しているものを、受け取る側が一方的に事業所得とするには、実態が完全に業務委託であるという客観的かつ強力な証拠が必要です。

3. 税務調査と追加徴税のリスク
万が一、税務調査で「給与所得」と認定された場合、青色申告特別控除や計上した経費がすべて否認されます。質問者様は所得水準が高いため、本税の不足分に加え、過少申告加算税や延滞税など多額のペナルティが発生する恐れがあります。

今後のご提案
源泉徴収票が発行されている以上、基本に忠実に「給与所得」として合算申告するのが最も安全な方法です。現在の税理士先生の方針にご不安が残る場合は、申告前に別の医業に強い税理士へセカンドオピニオンを求めることもご検討ください。

• ご丁寧なご回答ありがとうございます。税務については素人のため、大変参考になりました。

  差し支えなければ、川島先生は医師・医療機関に関する税務業務をどの程度ご経験されていますでしょうか？

  投稿日：2026/08/26

Answer 3

ご質問ありがとうございます。担当の税理士さんの提案に、周りの先生方との違いから疑問を持たれたのですね。大切な点ですので、一般的な考え方を整理します。

① 所得の区分は名目ではなく「契約と実態」で決まります
給与所得か事業所得かは、雇用契約（またはこれに準ずる契約）に基づく対価か、請負契約などに基づき自分の計算で独立して行う事業の対価か、で判断されます。国税庁は、大工などの職種についての通達で、区別が明らかでないときは次のような点を総合的に見るとしています（平成21年12月17日課個5-5）。
・他の人に代わってもらうことができるか
・勤務時間の指定など時間的な拘束があるか
・仕事の内容や方法について指揮監督を受けるか
・器具や材料を支払者から提供されているか
職種は違いますが、考え方の参考になります。医療機関がスケジュールを組み、医療機関の機材や車両を使い、時間単位で報酬が決まっているような働き方であれば、給与と判断される要素が多いことになります。

② 「相手都合で給与名目」という整理のリスク
複数の医療機関が給与として源泉徴収票を出している事実は、契約形態を示す重い資料です。ご自身だけ事業所得として申告し、調査で給与所得と判断されると、計上した経費と青色申告特別控除が認められず、不足する税金に加えて過少申告加算税（国税通則法65条）と延滞税がかかります。なお、青色申告の承認は事業所得などがあって意味を持つもので、承認を受けたことで給与が事業所得に変わるわけではありません。

③ ほかに確認したい点
・事業所得とするなら、給与所得控除の代わりに実際の経費を差し引くことになります。その差がどの程度あるのかも比べる必要があります。
・事業所得として扱う場合、報酬は消費税の課税対象となる可能性があり、課税売上高が一定額を超えた年の2年後の納税義務の判定も必要になります（消費税法9条）。
・給与の額と支払先の数からみて、どちらの整理でも確定申告は必要です（所得税法121条1項）。

契約書（雇用か業務委託か）と勤務の実態を担当の先生と一緒に確認し、事業所得とする根拠を書面で説明してもらうことをお勧めします。少しでもお役に立てれば幸いです。

※本回答は一般的な情報提供を目的としたものです。詳細な判断は管轄の税務署への確認や、税理士への個別相談をお願いいたします。