確定申告に関する質問｜質問No.10282

Question

確定申告の再送信による控除限度額削減・追加納税

今年3月に東京都から神奈川県に転居しました。
私は個人事業主で確定申告をeTaxで期日(3/15)にしました。
確定申告書の送信、納税も同日に全額オンラインで実行しました。
※eTaxにて、東京都の管轄税務署による確定申告・納付情報登録依頼の「受付完了」を確認

その後東京都の管轄税務署から電子証明書が無効だったと連絡があり、
神奈川県側の管轄税務署と調整するよう言われ、その指示により最終的に9月に神奈川県側税務署宛に確定申告をeTaxで再送信しました。

そして本日、確定申告書の提出が期日後なので控除額限度額は大幅減、非常に高額の追加納税をするよう通知が来ました。
※修正申告書と納付書

3/15時点で電子証明書が自治体間で転送手続き中だったとのことです。
この場合、期日遅れで多額の追加納税をさせられることに納得いかないです。
仕方ないことなのでしょうか？

Answer 1

3/15に受付完了を確認した申告が後に無効とされ、税務署の指示で9月に再送信したにもかかわらず期日後扱いとなるのは不当です。税務署の指示に従って再送信した経緯を書面で記録し、異議申立て（審査請求）を行うことをお勧めします。当初の受付完了メールや税務署からの指示記録を証拠として保存し、税理士にご相談ください。