税金・お金に関する質問｜質問No.23790

Question

開業したての事業の消費税還付について

新規就農として独立し、事業1年目で免税事業者になります。栽培作物の都合上、今年は実をつけないので事業としての売上はない予定です。しかし費用として機械設備投資に今年で700万円近くかかる予定です。現状の免税事業者だと消費税還付を受けられないという認識で間違いないでしょうか？来年も似たような状況（売上が少なく、費用が大きい）になるため課税事業者になった方がよい方がメリットが大きいと思ったのですがいかがでしょうか？

Answer 1

ご質問の通り、現状の免税事業者では消費税の還付を受けることはできません。消費税法上、免税事業者は消費税を納める義務が免除される代わりに、仕入税額控除の適用も受けられないためです。

機械設備投資に700万円近くかかる予定で、売上がほとんどない状況であれば、課税事業者を選択することで大きな還付を受けられる可能性があります。

課税事業者になるためには、消費税課税事業者選択届出書を提出する必要があります。この届出書は、適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに提出しなければなりません。個人事業主の場合、課税期間は1月1日から12月31日までですので、今年から適用を受けるには昨年12月31日までに提出する必要がありました。

ただし、事業を開始した年については特例があり、その課税期間中に提出すれば、その課税期間から適用を受けることができます。新規就農として今年事業を開始されるのであれば、今年中に届出書を提出することで、今年分から課税事業者として申告することが可能です。

課税事業者を選択した場合の注意点として、選択した課税期間の初日から2年を経過する日の属する課税期間の初日以後でなければ、免税事業者に戻ることができません。つまり、最低2年間は課税事業者として申告を続ける必要があります。

また、高額な機械設備を取得した場合には、調整対象固定資産に該当する可能性があり、その場合は3年間免税事業者に戻れない制約もありますので、設備の内容と金額を確認されることをお勧めします。

来年も同様の状況が予想されるとのことですが、2年間の縛りがあることを考慮すると、課税事業者選択のメリットは十分にあると考えられます。ただし、具体的な還付額の計算や簡易課税制度の適用可否なども含めて、総合的に判断されることが重要です。

Answer 2

＞＞補助を受けながら設備投資や資材の購入で支払った消費税の還付をうけることができる、という解釈でよろしいでしょうか？
　はい。一般的な補助金は対価性のない「不課税」として扱いますので、税額計算上は「ないもの」として計算されますから、その他の収入から経費を引いたものが赤字であれば還付申告になります。

Answer 3

　免税事業者のままでは消費税の還付を受けることはできません。
　新規就農で多額の設備投資（700万円）がある場合、消費税の「還付」を受けるために、あえて「課税事業者」を選択するメリットは非常に大きいと言えます。

　1. 免税事業者と還付の関係
　　還付の仕組みですが、消費税の還付は、「売上で預かった消費税」よりも「経費で支払った消費税」が多い場合に、その差額が返ってくる制度です。免税事業者の場合には、消費税の納税義務が免除されていますが、同時に還付を受ける権利もありません。700万円の投資に含まれる消費税（約63万円〜70万円）は、そのまま自己負担（所得税上の経費）となります。

　2. 課税事業者になるメリットと手続き
　　売上ゼロ、あるいは少ない時期に課税事業者になると、支払った消費税の多くが手元に戻ってきます。
　　必要な手続きは、「消費税課税事業者選択届出書」を税務署に提出するか、インボイス登録をすることです。
　　選択届出書の提出期限は、原則として、適用を受けたい課税期間の開始の日の前日までです（新規開業の場合には、その事業年度末までに提出すれば間に合う特例があります）。

　3. 注意すべき「3年縛り」のルール
　　還付を受けるために課税事業者を選択した場合、いくつか注意点があります。
　　一度「課税事業者」を選択すると、原則として2年間は免税事業者に戻れません。
　　100万円以上の資産（調整対象固定資産）を購入し、一般課税で還付を受けた場合、さらに制限が厳しくなり、3年間は免税事業者や簡易課税制度への変更が制限されることがあります。
　　3年目以降に売上が大きく伸びた際、課税事業者のままだと、今度は売上にかかる消費税を納める義務が生じます。

　4. 判断のポイント
　　今回のケースでは、以下の比較が重要です。
項目 　　　　　免税事業者のまま 　　　　　　　　　課税事業者を選択
今年の収支 消費税分（約70万円）が持ち出し 　　消費税分が還付される
来年の収支 同様にコスト増 　　　　　　　　　追加投資があれば還付の可能性
3年目以降 売上1,000万以下なら免税 　　　　　利益が出ても消費税の納税が必要

　結論としては、1〜2年目の還付額（100万円単位になる可能性）が、3年目に課税事業者であることで支払う税額を上回るのであれば、「課税事業者選択」を行うのが賢い選択となる可能性が高いです。

　出荷先はどちらですか？インボイス登録は不要なのでしょうか？インボイス登録をすれば、自動的に課税事業者になりますから、選択届出の提出は不要となりますし、還付が受けられない年分であっても、2年前が1000万円以下であれば2割特例（令和9年からは3割特例）が受けられて計算上時になります。もっとも簡易課税を選択して2割の計算をするという方法もありますが。。

• 売上は5年程は1000万以下の計画です。
  課税事業者を選択して2年間縛りがあったとしても、免税事業者としての期間を作れるため、できればインボイス登録もしないつもりです。

  栽培して実になったものを自分で加工して初めて商品になるものなので大きく売り上げが変わるのは4年後ぐらいになります。

  状況として国の補助事業で1年目約500万円、2,3年目約700万円ほど補助を受ける予定です。ほぼすべて設備投資や資材への補助として使ってしまいます。確認になるのですが、このような補助金で金額の大きい収入があったとしても、補助金に消費税が含まれているわけではないため、補助を受けながら設備投資や資材の購入で支払った消費税の還付をうけることができる、という解釈でよろしいでしょうか？

  投稿日：2026/04/16

Answer 4

ご認識の通りでよろしいかと考えます。
２年間は継続する必要があるため、タックスプラングをされるとよろしいかと考えます。https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6501.htm

Answer 5

免税事業者のままでは消費税の還付は受けられないというご認識で問題ありません。多額の設備投資が先行し売上が立たない初期段階においては、課税事業者を選択することで仕入税額控除により還付を受けられる可能性があります。ただし、課税事業者の選択には原則として2年間の継続適用などの制約があり、将来の売上増加時には納税負担が発生します。したがって、単年度の還付だけでなく、中長期の収支見通しを踏まえた上で選択することが重要といえるでしょう。