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建設請負に伴う売上と課税標準額について

    個人事業主の建築士(適格事業者)です。顧問先の企業からの要望に応え、建設工事金額を抑えるために工事請負を任されました。顧問先企業(発注者)から990万円(税込)の工事請負代金を受領し、工事会社(下請け)に990万円(税込)を支払いました。工事会社(下請け)は適格事業者です。
    昨日、今期の確定申告をfreee会計にて済ませましたが、消費税の課税標準額に990万円(税込)の税前額(900万円)が反映された金額が記載されており、控除対象仕入税額は今期まで2割控除されるので課税標準額の8割となる額が記載されておりました。
    当初の考えでは、適格事業者である下請けに請負金額をそのまま渡すことで、私には特に税務上のデメリットがないものと想像しており、売上の額面は1000万円を超えるため、インボイスの控除が再来年から適用できないことはデメリットになると認識しておりましたが、
    控除対象仕入税額が8割となると、税込990万円の税額90万円のうち、90×0.2=18万円は私が負担しているような印象になっております。
    freee会計の記事などを参考に、建築会社(下請け)への支払いは工事外注費として計上しており、仕入では計上しませんでしたが、仕入額と売上額が同額の場合には相殺されるものではないのでしょうか?

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