確定申告に関する質問｜質問No.23783

Question

基礎控除の額が違うと税務署から修正申告するよう指示された

サラリーマンです。初めてfreeeで令和7年度の確定申告を行いました。質問に沿って答えていくだけなのでいいなと思っていましたが、4月13日、税務署から基礎控除額が違う、修正申告をするようにと指示する文書が届きました。
所得が1000万円超なのに配偶者控除が入っている、とのこと。しかし今、再度確認したところfreeeの質問では私の源泉徴収票の金額とともに妻（専業主婦、所得なし）も正確に入力しています。それなのに基礎控除が95万円となっており、税務署指摘の58万円と乖離しています。
freeeの計算システムに間違いがあったのでしょうか。いずれにせよ95万円は誤りのようなので、修正はしますが、利子がかかるとのこと。その分、freeeに弁済してほしいぐらいです。こんなことならfreeeを使うんじゃなかったと後悔しています。

Answer 1

税務署の指摘は正しく、所得税法の規定に基づいた適切な判断です。

基礎控除についてですが、所得税法では合計所得金額に応じて基礎控除額が段階的に減額される仕組みになっています。合計所得金額が1,000万円を超える場合、基礎控除は48万円となります。freeeで表示されている95万円という金額は基礎控除ではなく、他の控除項目との合計額か、システム上の表示の問題と考えられます。

配偶者控除についても同様で、ご質問者様の合計所得金額が1,000万円を超えているため、奥様が専業主婦で所得がない場合でも配偶者控除の対象外となります。この制度は平成30年分から適用されており、高所得者の配偶者控除を段階的に縮小・廃止する税制改正によるものです。

freeeの入力画面では源泉徴収票の金額や配偶者の情報を正確に入力されたとのことですが、システムが所得金額に応じた控除額の自動調整を適切に行わなかった可能性があります。確定申告ソフトは便利ですが、税制の複雑な適用要件については最終的に利用者が確認する必要があります。

修正申告については、税務署の指示に従って速やかに手続きを行ってください。延滞税については法定の利率が適用されますが、これは税法上の義務であり、ソフトウェアの利用に関わらず発生するものです。

今後は申告前に、特に高額所得の場合は各種控除の適用要件を個別に確認する必要があります。

Answer 2

freeeでは、基礎控除額は自動計算されます。申告書を見ないと何とも言えませんが、副業で事業所得があった場合は更新がされていないと申告書とずれることがあります。
freeeは、簡単にできそうに見えますが、入力方法がfreeeの想定しているものと違うような場合正しくないものができることがあります。申告書が正しいものかどうかの確認は必要です。
一度freeeにご相談された方が良いと思います。

Answer 3

​おはようございます、税理士の川島です。
確定申告で税務署から通知が届くと、驚きと不安を感じてしまいますよね。お気持ちお察しいたします。
​freeeは非常に便利なソフトですが、あくまで「入力された情報」に基づいて計算を行います。例えば、給与以外の所得が漏れていたり、配偶者の方の入力箇所を誤って認識していたりすると、計算結果に乖離が生じることがあります。
​残念ながら、日本の税制は「自主申告制」をとっているため、最終的な申告内容の確認と責任は申告者本人に帰属することとなります。そのため、システムによる弁済などは現実的に難しいのが実情です。
​まずは、freeeの入力画面で「所得金額（収入ではなく）」が正しく反映されているか、もう一度チェックしてみてください。不明点はfreeeのサポート（チャット等）へ確認されるのがスムーズかと思います。