確定申告に関する質問｜質問No.23497

Question

一昨年の医療費控除とふるさと納税について

一昨年（2024年）ふるさと納税実施、医療費は10万円以上使用しましたが、医療費控除はせず、ふるさと納税分のワンストップ特例制度を使用しました。
昨年（2025年）はふるさと納税実施後、25年内にワンストップ特例制度を実施したあと、26年3月に25年の医療費控除を含めて確定申告を実施しました。
医療費控除は5年遡り実施可能とあるのですが、24年分の医療費控除申請はできる気がしますが、24年のふるさと納税はどうなるのでしょうか？控除された住民税を変換しないといけなくなるのでしょうか？

Answer 1

結論、2024年分の医療費控除を今から申告（還付申告）することは可能ですが、その際、2024年分の「ふるさと納税」についても改めて確定申告に含める必要があります。

1. ワンストップ特例が無効になります
確定申告を行うと、過去に提出したワンストップ特例の申請はすべて無効となります。そのため、医療費控除だけを申告すると、ふるさと納税の控除が消えてしまい、税金が増えて（損をして）しまいます。

2. 対処法：ふるさと納税も一緒に申告する
2024年分の還付申告書を作成する際、「医療費控除」に加えて、当時の「寄附金控除（ふるさと納税）」の金額も入力してください。これにより、ふるさと納税の控除を維持したまま、医療費控除による還付を受けることができます。

Answer 2

　手続き上の重要なルールとして、確定申告を行うと「ワンストップ特例」は無効化されるため、医療費控除の申請と同時に2024年分のふるさと納税についても改めて申告し直す必要があります。

　国税庁の規定により、確定申告（還付申告含む）を行うと、その年のワンストップ特例の申請はすべて無効になります。
　2024年分の医療費控除を申請する際、確定申告書に2024年に行ったすべてのふるさと納税（寄附金控除）を記載して提出してください。
　これにより、ワンストップ特例による「住民税のみからの控除」から、「所得税（還付）と住民税の両方からの控除」に切り替わりますが、合計の控除額は基本的に変わりません。

　「住民税を返還する」のではなく、確定申告によって所得税が還付され、その分翌年以降の住民税の控除額が調整されるという処理になります。結果として、損をすることはありませんのでご安心ください。
具体的には、2024年分の医療費控除を遡って申請する場合、以下の書類を準備して税務署へ「還付申告」を行ってください。
　2024年分の医療費の領収書・明細書
　2024年分のふるさと納税の「寄附金受領証明書」（ワンストップ特例を申請していても、確定申告にはこの証明書が必要です）
　源泉徴収票（2024年分）
　なお、ふるさと納税サイトから証明書データをダウンロードすると、国税庁のe-Taxページに組み込むことができて容易に申告できますよ。