確定申告に関する質問｜質問No.22240

Question

居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除の特例について

家の一部（5%）を事業用として使用しているのですが、「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除の特例」については事業で使用している部分（5%）の売却益部分についても適用できるものでしょうか？
住宅ローン控除については、事業用部分が10%以下であれば全額控除可能と知り、実務上同じ考えで適用されるものなのか伺えると幸いです。
よろしくお願いいたします。

Answer 1

その理解で合っています。

「3,000万円の特別控除」においても、住宅ローン控除と同様に、居住用部分が全体の「おおむね90％以上」であれば、全体を居住用として扱い、事業用部分（今回の5％）も含めて特例を適用できるという実務上の取り扱いがあります。

1. 根拠となるルール
国税庁の指針（通達）において、店舗併用住宅などの売却については以下のように定められています。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3452.htm

原則： 居住用部分と事業用部分を面積比で按分し、居住用部分のみに特例を適用する。

特例（90％ルール）： 家屋の90％以上を居住用として使用している場合は、その全体（100％）を居住用財産として取り扱って差し支えない。

お客様のケースでは事業用が5％（＝居住用が95％）ですので、この「90％ルール」が適用され、売却益の全額に対して3,000万円の特別控除を利用することが可能です。

2. 注意点：減価償却の計算
事業用として5％分を申告していた場合、その5％部分については、これまでの確定申告で「減価償却費」を経費として計上してきたはずです。

売却時の「取得費」を計算する際、この5％分については「購入価額から、これまでの減価償却費の合計を差し引いた未償却残高」をベースに計算する必要があります。

計算の流れ：

１．事業用5％部分の未償却残高を出す
２．居住用95％部分の未償却残高（所得税法上の計算）を出す
３．両方を合わせた合計が全体の「取得費」となる
４．売却価格からその取得費を引いた「譲渡益」に対し、3,000万円控除を適用する