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決算書の修正について

お世話になります。
freeeを使用して自社で経理・決算書を作成しております。(一人法人)
融資審査の過程で資本金の不一致が発覚しました。ご確認をお願いしたく、ご質問させていただきます。

【状況】
登記簿上の資本金:1,000,000円
freee決算書上の資本金:1,180,000円

【原因】
固定資産台帳にパソコン(18万円)を登録した際、仕訳の相手科目が誤って「資本金」になっていたと思われます。そのため、こちらも資本金に計上されてしまいました。

【ご質問】
①この場合、freeeで仕訳を修正して決算書の資本金を1,000,000円に直すことは可能でしょうか。
②修正した場合、すでに提出済みの法人税申告書(2024年度・2025年度)への影響はありますか。(いずれも赤字決算のため納税金額は変更ないと考えます。)
③決算書の修正と登記変更、どちらで対応すべきでしょうか。
④融資審査中のため早急な対応が必要です。修正する場合の手順と注意点を教えてください。

何卒よろしくお願いいたします。

①
freeeで仕訳を直し、決算書の資本金を1,000,000円に戻すことはできます。
資本金は登記簿の金額と一致している必要があるため、誤っている帳簿を直すのが正しい対応です。
代表者個人のお金でパソコンを買った場合、会社が代表者からお金を借りたことになります。
その場合、資本金としていた180,000円は「役員借入金」に振り替えます。
会社の口座から払っていた場合は、実際に支払った口座の科目(普通預金など)に振り替えます。

②
法人税の所得金額は変わらないため、2024年度・2025年度の修正申告は不要と考えます。
資本金と役員借入金の振替は損益に影響しない仕訳だからです。
パソコンを固定資産として正しく減価償却していれば、所得計算もそのままです。
法人税法では、資本金等の額は株主から出資を受けた金額とされ、登記上の資本金が基準になります。
帳簿に出資の実態がない180,000円が上乗せされていても、税務上の資本金等の額は1,000,000円のままです。
法人住民税の均等割もこの資本金等の額で決まるため、納税額は変わりません。
申告書の別表五(一)の資本金欄に1,180,000円と書いていた場合は、次回の申告で正しい金額に直してください。
ただし、代表者がパソコンを会社に無償で譲ったと扱う場合は、受贈益として所得が増えます。

③
決算書の修正で対応してください。
誤っているのは帳簿で、登記は正しい金額です。
登記を1,180,000円に変えるには実際の増資手続きが必要なため、記帳ミスの修正のために行うものではありません。

④
進め方は次のとおりです。
① 領収書や通帳で、パソコン代を誰がどこから払ったかを確かめる
② 申告済みの年度は数字を変えず、当期に「資本金 180,000円/役員借入金(または普通預金)180,000円」の振替仕訳を入れる
③ 修正後の試算表と、誤りの原因と修正内容を書いた簡単な説明書を金融機関に出す
提出済みの決算書を書き換えると、税務署に出した申告書と数字が合わなくなります。
そのため、当期に振替仕訳を入れて直す方法が分かりやすいでしょう。

  • 回答日:2026/10/17
  • この回答が役にたった:0

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【結論】
登記を直す必要はなく、freee側の仕訳を修正する対応で問題ありません。そのうえで、申告書側で3点ご確認ください。

【根拠】
原因が固定資産登録時の相手科目の設定誤りであれば、実際に払い込まれた資本金は登記どおりの100万円であり、会社法上の資本金の額は動いていません。したがって変更登記は不要で、誤っているのは帳簿の側です。
1つめ。別表五(一)や別表二の「資本金等の額」が118万円で記載されていれば、こちらも正しい100万円に直す必要があります。貸借対照表だけを直しても申告書に誤りが残ります。
2つめ。地方税の均等割は資本金等の額で判定されますが、118万円でも100万円でもいずれも1,000万円以下の区分に収まりますので、均等割の税額は変わらない見込みです。
3つめ。両年度が欠損であれば納付税額は動きませんので、修正申告の必要はありません。税額が変わらない記載上の誤りについては、当期の申告で正しい期首残高に直し、経緯を説明できる資料を残しておく対応が実務的です。

【注意点】
PCの代金を役員が個人で立て替えていた場合は、貸方を資本金から役員借入金に振り替えることになります。法人口座から支払われていた場合は相手科目が変わりますので、まず出金元をご確認ください。
申告済みの年度の取扱いについては、所轄の税務署に事前に相談しておかれると安心です。税額が変わらない場合の扱いは、担当者によって案内が異なることがあります。

【その他】
融資審査中とのことですので、金融機関には、修正後の決算書と試算表に加えて、原因が固定資産登録時の相手科目の設定誤りであること、資本金は登記どおり100万円で変わっていないことを一枚にまとめて添えると、説明がしやすくなります。資本金が実態より多く見えていた状態が正されるだけですので、審査上の不利に直結するものではないと考えられます。

※本回答は一般的な情報提供を目的としたものです。詳細な判断は管轄の税務署への確認や、税理士への個別相談をお願いいたします。

  • 回答日:2026/10/17
  • この回答が役にたった:0
  • ご回答いただき、誠にありがとうございます。
    また要点をまとめてわかりやすくご教示いただき、非常に助かりました。
    改めまして、この度は誠にありがとうございました。

    投稿日:2026/10/17

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回答した税理士

架間祐太税理士事務所

架間祐太税理士事務所

  • 認定アドバイザー評価ランク4
  • 石川県

税理士(登録番号: 150934)

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こんばんは、税理士の川島です。
結論から申し上げますと、登記変更を行う必要は一切なく、freee上の仕訳を正しい内容に修正して対応する形となります。

融資審査中でお急ぎとのことですので、原因の確認から金融機関への対応、税務上の手続きまで、順を追ってご説明いたします。

1. 相手科目(貸方)の確認とfreeeの修正(質問①・③)
登記簿上の資本金1,000,000円が正しいため、18万円の仕訳誤りを修正して決算書を正しい状態に戻します。

対応方法:
パソコン購入時の実際の資金出所をご確認ください。役員個人の資金やポケットマネーから支払っていた場合は、貸方科目を「資本金」から「役員借入金」へ変更します。
仕訳を修正することで、freee上の貸借対照表の資本金は正しく1,000,000円に戻ります。

2. 融資審査への緊急対応手順(質問④)
金融機関の審査を止めてしまわないよう、以下の手順で速やかに対応されることをお勧めします。

freeeの修正: 上記の通り仕訳を修正し、資本金を1,000,000円にした状態で決算書(および最新の試算表)を再出力します。

金融機関への連絡・差し替え: 担当者へ「パソコン購入時の入力誤りにより決算書の資本金表示に誤りがあったため、正しく修正した」旨を説明し、修正後の決算書・試算表を提出(差し替え)してください。
※単なる記帳の誤り(仕訳ミス)であることを真摯に説明すれば、融資審査上も問題なく受け付けられます。

3. 申告書への影響と修正申告について(質問②)
税額への影響:
いずれの年度も赤字決算とのことですので、資本金(純資産)から役員借入金(負債)への振り替えを行っても損益(所得)には影響せず、納める税金が増減することはありません。

申告書の訂正(別表への影響):
税額の変更はありませんが、法人税申告書の「別表五(1)(資本金等の額に関する明細)」等の金額が誤っている可能性があります。
税額に変更がない場合でも、税務署に対して修正申告(または申告書の訂正手続き)を行う必要があります。こちらは金融機関への差し替え対応が終わった後、管轄の税務署へ手続方法を確認して進めるとスムーズです。

  • 回答日:2026/10/16
  • この回答が役にたった:0
  • 早々にご回答いただき、誠にありがとうございます。
    また非常にわかりやすくご教示いただき、非常に助かりました。
    改めまして、この度は誠にありがとうございました。

    投稿日:2026/10/17

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回答した税理士

zeirishi.makoto.office(川島真税理士事務所)

zeirishi.makoto.office(川島真税理士事務所)

  • 認定アドバイザー評価ランク1
  • 鹿児島県

税理士(登録番号: 151691)

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