確定申告に関する質問｜質問No.25530

Question

【再質問】分離発注による建築の際の住宅ローン控除の適用について

10/22に下記内容について質問させていただきました。
「分離発注（設計・建物・電気関係・水道関係・設備関係）による住宅を建築し、合算して住宅ローン控除を申請したところ、住宅取得費については設計および建物の費用のみとの回答が税務署からあり、住宅取得費が大幅に減額され、還付金額も減額との連絡がありました。設計会社による管理の下、同日にそれぞれの業者との契約を同時に結んだにもかかわらず、分離発注のため、一体となる建築工事とはみなさないとの回答があり、回答の根拠としてリフォームの際の事例を挙げて説明されたため、納得できない部分がありますが、税務署の回答のまま手続きを進めるしかないのか疑問に思い質問をしています。」

いただいたご回答を参考に、税務署での面談を終えたのですが…納得できない部分が多々ありました。

➀租税特別措置法関係通達41-24(1)において「同一の者からの取得」や「一つの契約」という文言がないこと、および税務訴訟資料第259号-108（順号11221）の判例の追加文言である「『工事と併せて行う』とは『工事と同一の者が行う』と解すべきでなく、『工事と同一時期に行う』と解釈すべきである」ということを踏まえ、今回の事例は「一体として取得」に該当すると伝えたところ、「上記判例に基づき今回は該当しない」とこれまで通りの結論を繰り返すのみでした。
②上記判例については、「改装工事（リフォーム工事）」の判例であり、その判例を新築に当てはめて考える法的根拠の部分も説明してほしいと依頼をしても、これまでの税務署側の解釈通りに回答を繰り返すのみでした。
③「改装工事（リフォーム工事）」ではなく「新築」という状況を踏まえ、電気設備（配線等）や水道設備（配管工事等）、設備工事（ユニットバスやトイレの設置）がない状態で、住宅としての機能を果たすことができるのかという視点で質問しても、特に回答する状況ではありませんでした。

今回は上記を対面にて説明しただけでなく、質問状というかたちで書面にて提出したのですが、「そもそも個別の案件に回答する義務はない」という旨の回答もあり、税務署側の対応についてもかなり疑問を感じています。
上記解釈の整合性の面も含め、今後どのように動いていけばよいのか、教えていただけると幸いです。

Answer 1

今回の問題では、税務署の説明に疑問が残る一方、税務署が引用した判決にも一定の根拠があります。

ただし、その判決は既存建物を取得した後の改装工事に関するもので、今回のように住宅の新築段階から各業者に分離発注した事例とは事情が異なります。

重要なのは、電気・水道・設備工事が、住宅を完成させるための新築工事の一部と認められるかどうかです。分離発注という契約形式だけでなく、工事の実態から判断する必要があると考えます。

まずは各契約書、設計図面、工程表などを整理し、税務署に具体的な判断理由を確認してください。その上で、既に更正処分を受けているかなど、現在の手続状況に応じて、不服申立てを検討することをおすすめします。

• ご返信ありがとうございます。
  私としましては、①設計事務所との業務管理委託を行い、それに基づき、各業者と同日対面にて契約を交わしていること、②図面にそれぞれの設備についての記載があること、③工程表についても同様に全ての設備関係も含めた工程表となっていること等を含め、工事の実態から「一体となる工事」として認められる材料を整えて面談を行いました。
  その状況においても、結論ありきの状況にとても困惑しています。

  当初申告においては、登記費用等も含めて申告していたため、私自身も取得金額についての誤りがあるため、一旦私自身で精査した金額にて修正申告を行った後、おそらく改めて更正処分となるかと思いますので、そうなった際に不服申立を行う手順で考えていますが、いかがでしょうか。
  それとも修正申告を行わずに更正処分を受け、その後動いた方がよいのでしょうか。

  投稿日：2026/11/11

Answer 2

再度のご質問ありがとうございます。面談のために書面まで用意して臨まれたのに、同じ結論を繰り返されるだけでは、納得がいかないお気持ちになりますよね。税務署の判断が正しいかどうかをここで断定することはできませんが、考え方の整理と、これから取れる手続きをご説明します。

■ 結論から申し上げると
税務署の説明に納得できない場合でも、そのまま受け入れるしかないわけではありません。税務署とは別の機関に判断を求める手続きが法律で用意されています。ただし、手続きの種類と期限は「今どの段階にあるか」で変わりますので、そこを確認していただくことが第一歩です。

■ ① 取得対価の考え方
・控除の対象になる借入金の額は、住宅の取得等の対価の額が上限になります（租税特別措置法41条1項、同法施行令26条6項）。
・新築の場合の「家屋の取得対価の額」は、家屋の建築工事の請負代金などをいうとされています（措置法通達41-1(18)）。
・そのうえで、「その家屋と一体として取得した」電気設備・給排水設備・衛生設備・ガス設備等の附属設備の対価も含むとされています（同通達41-24(1)）。ご指摘のとおり、この項には「同一の者から」という文言はありません。一方、門・塀・家具などを扱う41-26には「同一の者から」という文言があります。
・ご質問の場合、争点は「分離発注の設備工事が、家屋と一体として取得したものに当たるか」という事実の当てはめになります。

■ ② 資料の整え方
次のような資料で、設備工事が家屋の建築工事の一部として計画・施工・引渡しされたことを示せるかがポイントになります。
・各業者との契約書（日付・工事内容・金額）と、設計監理契約の内容
・設計図書に電気・給排水・衛生設備が含まれていること
・工程表、完了検査、引渡しの日付と順序
・借入金が設備工事の支払いに充てられたことが分かる資料（融資の資金使途、支払いの記録）

■ ③ 今後の手続き
・修正申告をまだ出しておらず、税務署から更正（税額を改める処分）の通知を受けた場合は、通知を受けた日の翌日から3か月以内に、税務署への「再調査の請求」か、国税不服審判所への「審査請求」を選べます（国税通則法75条1項1号、77条1項）。再調査の決定後も不服があれば、審査請求に進めます（同法75条3項）。
・すでに修正申告を出された場合は、法定申告期限から5年以内に「更正の請求」ができます（同法23条1項）。認められず「更正をすべき理由がない」旨の通知を受けたときは、その通知に対して上の不服申立てを検討することになります。
・国税不服審判所は税務署とは別の機関ですので、改めて主張と資料を見てもらう場になります。

■ ④ ご相談先について
期限があり、主張の組み立てと資料の選び方で結果が左右されやすい場面です。お手元の契約書や通知書を税理士に見てもらい、どの手続きが取れるかを一緒に確認していただくと安心です。

少しでもお役に立てれば幸いです。ご不明な点があれば、またお気軽にご質問ください。

※本回答は一般的な情報提供を目的としたものです。詳細な判断は管轄の税務署への確認や、税理士への個別相談をお願いいたします。

• ご返信ありがとうございます。

  ②資料の整え方にてご指摘いただいたように、全ての業者と同日、同場所（設計事務所）にて契約を交わし（契約日も同一）、設計事務所との管理契約を結んでいること、図面においても全ての設備が含まれていること、工程表等についてもそれぞれの工事日程を一覧にて掲載していること等、「一体としての工事」について十分説明できる資料を用いて説明を行っています。
  正直、ここまで資料を揃えて面談に臨んでも、結論ありきの状況に本当に困惑しているところです。

  当初の住宅取得金額については、登記費用等を含めて申告していたため、税務署の修正申告ではなく、私自身で精査した修正申告を行った後、おそらく改めて更正処分となるかと思いますので、そうなった際に不服申立を行う手順で考えていますが、いかがでしょうか。
  それとも修正申告を行わずに更正処分を受け、その後動いた方がよいのでしょうか。

  投稿日：2026/11/11